宏基因组( Metagenome，也称元基因组) 指环境中全部微小生物遗传物质的总和，它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和/ 或测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新微生物研究方法，主要应用于群落结构分析、环境中的基因功能分析以及新物种的发掘。